La Física de Zúñiga, que forma parte de su Philosophiae prima pars, es una exposición de los escritos físicos de Aristóteles según el orden habitual en la escuela, y de acuerdo con un ideal didáctico de perfección dialéctica y elegancia retórica. La discusión de las cuestiones suele estar enriquecida y actualizada mediante la referencia a algún comentarista de Aristóteles u otra autoridad consagrada; así, por ejemplo, en la explicación del movimiento de caída se sirve de los teóricos del ímpetus; en la cuestión de los elementos, las mezclas y los temperamentos acude a los médicos Galeno y Fernel; en la exposición de los meteoros luminosos sigue a Vitelio; en la cuestión del lugar y estado de la tierra discute con Copérnico. Su independencia de criterio y su tendencia realista sobresalen en el desarrollo de todas las cuestiones.