El discípulo sigue los eventos que se narran en los evangelios pero dotándolos de un nuevo significado al explicarlos dentro de la realidad histórica que ha salido a la luz como resultado de una seria documentación, para lo cual el autor ha contado con la colaboración del prestigioso historiador Antonio Piñero. Así, El discípulo no reconoce la divididad de Jesucristo, quien en la novela tiene un hermano y unas difíciles relaciones con su madre. Además, se muestra cómo algunos conocidos pasajes de la Biblia no resisten el análisis histórico: el sermón de la montaña difícilmente pudo congregar a una gran multitud ya que la ley romana prohibía las reuniones públicas de más de 12 personas, y Jesús no cargó con la cruz camino del monte calvario rodeado de mujeres que se rasgaban las vestiduras, sino totalmente solo.