En un momento en que la Iglesia aparece como una de las instituciones menos valoradas por la sociedad, A vueltas con la Iglesia quiere analizar el porqué de ese descrédito y hacer balance de sus luces y sombras. Para ello, Vicente Borragán Mata se pregunta por su fundación y su misión, revisa su historia desde sus orígenes hasta nuestros días, estudia las persecuciones y ataques que ha sufrido, analiza sus pecados más graves (ruptura entre el clero y los fieles, pérdida de la unidad, censura eclesiástica, admisión de la pena de muerte, fallos de la jerarquía, abusos de poder y riquezas), constata su propósito de enmienda (especialmente desde Juan Pablo II), contempla los desafíos actuales de la Iglesia y plantea cómo será la Iglesia del futuro.